في فترة الأربعينيات، كان الإسماعيلي أحد الفرق البارزة في كرة القدم المصرية، رغم الظروف الصعبة التي مر بها النادي بسبب الحرب العالمية الثانية. ورغم التحديات، تمكن الفريق من الاستمرار في المنافسة على البطولات المحلية وتقديم مستويات قوية.

في عام 1940، حقق الإسماعيلي كأس مصر لأول مرة في تاريخه، وهو إنجاز مهم في تلك الفترة. كما استطاع الفريق أن يحجز مكانه بين الأندية الكبيرة في مصر، وظهر في عدد من البطولات المحلية بإصرار وعزيمة.

كان الفريق في تلك الحقبة يضم عددًا من اللاعبين الموهوبين الذين تركوا أثرًا كبيرًا في تاريخ النادي، وكان للإسماعيلي تأثير بارز على المستوى المحلي، حيث أصبح من الفرق التي يعتمد عليها في المنافسة على البطولات.

بالرغم من أن الإسماعيلي لم يحقق العديد من الألقاب خلال هذه الفترة، إلا أن وجوده القوي في المنافسات المحلية أثبت قدرته على المنافسة على أعلى المستويا